我国物流业与发达国家的差距明显体现在物流成本和周转速度上，服务水平和效率相对较低。每万元GDP产生的运输量较高，而美国和日本的运输效率则更为优秀。我国物流各环节衔接不顺畅，工作效率不高，表现为货物在途时间、存储时间以及基础设施劳动生产率等方面均有待改进和提高。货运汽车的生产率水平较低，仅为我国3万吨公里左右，而美国则高达约66万吨公里。铁路和卡车的运行速度较慢，集装箱等高效运输方式比重不高，装卸时间长。调研数据显示物流费用在产品总成本中占比较高，每年因包装、装卸和运输造成的损耗巨大。不合理的物流安排导致公路货运空驶率高达50%。
从物流基础设施来看，我国虽然有所发展，但整体仍然落后。我国国土面积内的运输网络密度远低于欧美发达国家以及印度等国。在条块分割和多头管理的传统模式下，物流基础设施的规划和建设缺乏必要的协调，导致配套性和兼容性差，系统功能不强。各种运输方式之间以及不同区域运输系统之间的衔接设施投入不足，影响了物流工业的发展。
我国物流系统的一般技能水平较低，设备配备落后。仓储设备、运输设备和物流信息软件等方面均存在明显的不足。在物流规范化方面，我国也面临诸多挑战，如缺乏相关规范和规章制度，推广力度不足等。这些问题都影响了我国物流行业的整体发展。
机制上的障碍也是制约我国物流业发展的一个重要因素。在计划经济体制下，各行业的运作模式相对封闭，管理分割现象严重。在向市场经济转型的过程中，这些固有的模式仍有一定影响。物流行业的发展涉及多个方面，如基础设施、物流技术设备、产业政策、投融资、税收、海关服务等，这些方面分属不同的部门管理。由于缺乏现代物流知识和缺乏一致协调的战略思想，各部门的管理成为制约物流工业发展的瓶颈之一。因此我国在物流业的管理体系和机制上的协调亟待加强。针对上述问题提出的建议或解决方案将在后续详细阐述。物流业涉及交通、经贸、外经贸、城市规划、公安、税务、海关以及产品检验检疫等多个领域，这些领域的监管职能、管理方法和制度系统存在较大差异。在物流管理过程中，由于不同系统和管理机制之间的隔阂，给物流行业的发展带来了诸多挑战。
物流业面临的体制分割问题，与经济社会的管理体系和机制息息相关。许多部门与企业之间并未真正实现分离，这种分割状况在多部门管理之间尤为明显，导致了管理能力的受限和制约，使得管理水平的提升步伐缓慢。
进一步来看，区域经济利益驱动使得地方管理成为地方利益的体现，加剧了地方保护主义的倾向。在我国，部分省市之间的市场壁垒限制了网络化物流服务企业的成长和发展，使得物流行业的网络化进程面临一定的困难。
面对这些挑战，物流业依然展现出巨大的发展潜力。各相关部门在加强协同管理的也在不断探索创新管理模式，以适应物流行业的快速发展需求。未来，随着管理水平的提升和市场环境的优化，物流业将迎来更加广阔的发展空间和机遇。