由于物流企业物流事务的独特性和复杂性，其运作部分的组织结构与一般工商企业和运输企业有所不同。这使得物流费用的处理和核算成为一个重要且复杂的问题。针对物流企业的费用处理，尤其是物流事务办理功能部分和物流事务作业功能部分的费用，我们需要进行深入研究和理解。
一、物流事务办理功能部分的费用处理
物流事务办理功能部分主要负责物流事务的承包作业和客户服务作业。承包作业包括物流事务的询价、计划规划、招标、合同签定等，这些前期开发作业会产生相应的资源耗费，如作业场所相关费用、人员薪水相关费用等。理论上，如果物流事务招标成功，这些前期开发费用应计入物流事务的本钱中。根据慎重性准则以及《企业管帐制度》的相关准则，这些费用应在产生时一次性计入期间费用。
关于是否将物流事务前期开发费用归为办理费用还是经营费用，这是一个值得探讨的问题。《企业管帐制度》将研制费用列入办理费用，但个人认为将物流企业的前期开发费用列为经营费用更为适宜。这是因为，物流事务的承包作业实质上就是物流企业的市场营销作业，产生的费用与一般工商企业的经营费用特点相同。而物流事务的客户服务作业是物流企业提供物流服务的延续，是售后服务，因此产生的费用也应作为经营费用处理。
二、物流事务作业功能部分的费用处理
根据物流企业物流事务的运作现状，物流事务作业功能部分主要是专设的物流事务运作中心及其下属分支组织，负责物流事务合同签定后的具体运作。这些组织产生的组织设置费用与管理人员相关费用等，应计入不同物流事务的物流事务成本。这些费用包括为了组织和管理运送生产所产生的各种直接费用，如生产单位（车队、船队、装卸队等）的运费、员工福利费、折旧费、修理费等。现行的《交通运送企业本钱费用办理核算方法》对这些费用有明确的归集和核算规定。
由于每个物流企业的运营情况和所运作的物流事务都有所不同，因此在实践作业中，对于物流事务作业功能部分产生的组织设置费用与管理人员相关费用的归集和处理还需要根据具体情况进行。这些费用可以根据是否能直接计入某一物流事务成本分为直接费用和间接费用。例如，在接受大型物流事务时，物流企业可能会设置分拨中心这一作业功能部分，其产生的费用需要根据物流事务的具体情况进行归集和处理。
物流企业的费用处理是一个复杂且重要的问题，需要结合实际运营情况和行业规定进行深入研究和探讨。只有这样，才能更好地进行费用的归集和核算，为企业的决策和管理提供准确的数据支持。在物流运营中，分拨中心的费用处理是物流事务成本计算的重要环节。若分拨中心专注于单一物流事务，其产生的组织设置和人员费用应被直接纳入该物流事务的成本计算。但如果分拨中心服务于多样化的物流事务，其费用则需在营运直接费用科目下归集，随后根据适当的分配标准分摊到不同的物流事务成本中。
除了分拨中心，物流企业的其他分支组织如运输、装卸、仓储和加工等产生的组织设置和人员费用，也需要根据与具体物流事务的关联程度，作为直接费用计入物流事务成本。
在物流事务费用处理上，除了上述普遍适用的规则，还需要特别考虑一些特殊情况。物流企业不仅要关注物流事务办理功能部分和作业功能部分的费用处理，还要从经营管理的视角出发，考虑如何反映某一项物流事务的实际成本水平和盈利能力。这需要将物流事务作业功能部分的事务组织相关费用纳入考虑，同时还要将经营费用科目中可归属于某一项物流事务的物流事务办理功能部分的事务组织相关费用纳入分析。
例如，当物流企业对某一项物流事务成功招标后，应将清晰界定的前期开发费用即物流事务承包费用作为该物流事务的盈利分析要素之一。同样，在招标过程中产生的物流计划规划费用，在招标成功后应将其后续产生的物流方案规划（调整、优化）费用直接计入所招标的物流事务成本中。
对于物流企业而言，根据企业管理制度，自行开发的物流管理信息系统开发费用因存在不确定性而被列为期间费用；若从外部购入则被视为无形资产并最终摊销列为管理费用。但从运营管理的视角出发，对于成功开发并能区分不同物流业务的物流管理系统开发费用，以及专门为某一项物流事务运作而配置的信息系统摊销费用，应当计入该项物流事务的成本之中。这样的处理不仅能更真实地反映物流事务的实际成本，还有助于企业更精准地进行盈利分析和决策制定。