供应链管理系统是通过一系列的功能模块和流程，将上下游资源紧密地联系在一起。通过销售管理和采购管理模块，系统能够及时处理销售订单和采购订单，确保产品的供应和需求的匹配。库存管理模块能够实时追踪库存情况，根据实际需求进行库存调整，避免库存积压和缺货现象。
这些功能模块的运行都是基于信息化的平台，实现了数据的实时共享和交换。上游供应商可以通过系统了解下游客户的需求和订单情况，下游客户也可以通过系统了解上游的供应情况和产品信息。这样，供应链管理系统就形成了一个连接供应商、制造商、分销商、零售商和终端用户的整体网络，实现了资源的协同和整合。
供应链管理系统还通过建立标准化的运营流程和协同整合机制，实现了与第四方物流供应链平台的整合连接，有效监督货物的收发和在途情况。通过与银行建立资本渠道的管理功能，企业可以更好地管理融资方式、支付方式及相关金融服务方式，特别是通过企业网上银行进行资金管理。
供应链管理系统通过其功能模块和流程的设计，以及信息化的平台，实现了上下游资源的紧密联系和协同整合，提高了整个供应链的效率和响应速度。供应链管理系统是企业管理中的核心组成部分，它涵盖人、资金、商品和信息四大要素，即人流、资金流、物流和信息流。这一系统通过这四个方面的信息交换，紧密地联系着上下游资源。
在软件领域，确实有许多公司推出了专业的供应链管理系统。以神州数字管理软件制造商为例，其顶级产品GP系列，作为神州数字制造业ERP品牌的代表，在促进中国企业资源规划的发展方面发挥了重要作用。其核心理念是“集团协调、全球控制”，旨在帮助企业实现全球布局和集团控制的目标，甚至超越国际领先同行。
关于如何缩短供应链管理系统的交货周期，有很多策略可以实施。通过APS高级计划，可以满足资源约束，平衡生产过程中的各种生产资源，为不同生产瓶颈阶段提供最佳生产计划，实现快速响应需求变化。具体措施包括自动设定生产排程的动态提前期、分割制造订单、分配其他资源、工序连续性、设置前后准备时间的连接点、有效安排操作人员、优化瓶颈中心的排程以及使用先进的数学约束优化算法等。
至于供应链管理系统选择Java语言进行程序设计的原因，主要是Java适用于中大型项目的开发。Java一般被用作服务器端编程，虽然PHP也可以用于服务器端，但其局限性较大，资源消耗也较大。对于需要稳定、安全、跨平台运行的大型供应链管理系统，Java成为了首选。其强大的编程能力和广泛的社区支持，使得系统开发和维护更加便捷。