自诞生之日起，第三方物流公司便以战略联盟伙伴的身份融入客户企业中，从而形成了互利互惠、双赢共荣、长期发展的战略性合作关系。这种合作关系独具特色，具体表现为以下几个方面：
这种合作是基于双赢原则的。在成熟的美国和欧洲市场，这一准则已被第三方物流合作伙伴广泛接受。在我国，推广这种双赢理念却面临一些困难。不论是物流企业还是客户企业，都存在着过于追求短期利益、忽视合作伙伴利益的倾向。特别是客户企业，往往会利用物流市场的卖方优势，不断要求物流公司降价，导致物流公司的收益下降，缺乏持续发展动力，合作积极性不高。
第三方物流公司的服务具有高度的柔性化和个性化特点。不同于一般企业提供的标准化服务，如公共仓库、快递服务等，第三方物流服务的个性化特征显著。由于客户企业的产品、市场策略和管理模式的不同，决定了第三方物流合作方式的多样化。在典型的第三方物流项目中，物流企业会为客户组建专业服务团队，这些团队将针对客户的具体需求，接受关于产品、客户服务及安全等方面的培训。服务团队甚至会在客户的生产现场或办公室进行作业。在信息体系方面，第三方物流公司会采用与客户兼容的体系，并根据客户需求定制信息系统。
第三方物流合作具有战略性质。对于生产制作企业而言，第三方物流不仅是其物流战略的重要组成部分，更是企业战略实施的关键力量。第三方物流公司需协同客户企业的市场、销售、生产、客户服务等方面的事务需求。第三方物流公司还掌握客户企业的核心战略信息，如、市场策略、产品特性等。第三方物流公司的角色是客户企业经营业务的关键环节。
关于客户服务方针的特殊性方面，第三方物流公司的客户服务有别于有形产品和一般无形产品的服务，甚至与传统的储运业务相比也有很大不同。在客户服务政策的制定上，第三方物流公司强调每一个客户都是重要的战略伙伴，具有同等的重要性。第三方物流公司追求100%的服务满意度。传统的物流企业往往在面对多个同类客户服务供应商时，不必对每一个服务订单都全力以赴。对于现代意义上的第三方物流公司来说，面对客户的高度依赖性以及通过整合社会资源提供物流服务的能力，必须确保客户的每一个服务请求都得到100%的满足。这是第三方物流公司与传统物流服务的本质区别。例如，宝洁公司在与宝供合作之前，曾尝试与广州的大型国有企业合作，但由于这些企业无法满足宝洁的24小时出货和货物全程监控等要求，最终合作失败。
第三方物流公司与客户企业的合作关系是基于双赢、柔性化、个性化和战略性的原则建立的。这种合作关系要求物流企业深入理解和适应客户需求，提供高度个性化的服务，并始终保持与客户的战略协同，以实现共同发展和长期成功。