物流办理和物流工程是北京物资学院两门重要的专业。它们共同构成了学院物流教育的核心体系，为社会培育了大量的高素质物流人才。这些人才在各行各业取得了卓越的成果，赢得了社会的广泛认可。
在2001年，经过教育部的批准，北京物资学院恢复了物流办理专业，同年成立了物流系。历经十几年的发展，这个专业已经成为北京市的品牌专业。学院的物流系不仅开设了物流办理和物流工程专业，还在机械制造及其自动化专业下设立了物流设备办理专业方向。拥有市级实验室、市级社科物流研究基地以及亚洲物流研究中心等丰富的教育资源。
物流办理专业以管理科学与工程为学科基础，融合了工商管理和经济学学科的知识；而物流工程专业则是以管理科学与工程为基础，结合了交通运输和机械类学科的理论。北京物资学院物流系在教育和研究方面拥有强大的优势，教师队伍雄厚，课程系统完善，研究领域广泛，享有极高的声誉。
学院的物流系不仅积极参与高级科研成果的转化，为经济建设提供服务，还为北京市、通州区以及许多地方制定了物流发展规划。其中一些规划已经被纳入当地的“十五”发展计划。学院还帮助许多国内企业，包括国家重点企业规划和设计物流中心、配送中心，为生产企业的物流发展提供了有力的支持。
北京物资学院的物流系教师团队由一批优秀的专家学者组成，如王之泰教授、陈梅君教授等物流教育先驱，以及崔介何教授、邬跃博士、翁心刚博士等国内知名的物流学者。为了进一步加强教师队伍建设，学院鼓励教师参与培训和世界交流，42%的教师有海外留学或进修的经历。
自开设物流管理专业以来，北京物资学院已经为社会培养了大量的物流人才，毕业生超过800人。他们中的许多人在业界取得了杰出的成绩。从2001年建立物流系以来，每年的毕业生就业率都达到了100%。目前，有600多名学生正在副修物流管理专业，其中400多人已经毕业。
学院的物流系以学科专业建设为龙头，以本科教育为中心，以科学研究为支撑。其办学宗旨是为当地经济建设和职业发展提供服务，同时以市场需求、地域特色和学生就业为导向。旨在创建和谐的团队，合理建立教育和科研渠道，建设以人为本的教育研究环境，培养高素质的物流人才。其目标是立足国内，面向亚洲和世界，积极构建培养全球化物流人才的教育体系，使其成为国内具有特色的物流教育和研究中心。其发展规划是短期内达到教育部本科教育水平评价优秀以上等级，中长期目标是建设成为国内具有特色和影响力的物流管理和物流工程专业，构建物流学科，培养高素质物流人才，在国内外具有一定的知名度和影响力。