海关在推动加工贸易产业升级、延长加工贸易产业链、提升加工贸易附加值方面积极探索，取得了显著成效。
目前世界500强已有480家落户我国，加工贸易已使我国发展成为规模巨大的“世界加工厂”。其构成主要包括12.6万家加工贸易企业、99个海关特殊监管区域、25个保税物流中心、720个保税仓库、118个出口监管仓库。这个“世界加工厂”，解决了4000万人员直接就业，占我国第二产业就业人数的20%。
今年以来，面对后金融危机时期出现的新情况、新变化，海关总署及时调整有关政策，积极贯彻落实国家节能减排各项措施，会同商务部进行了加工贸易禁止类目录调整工作，将硅材料等44种商品增列入加工贸易禁止类目录，严格限制“两高一资”产品的加工贸易出口，促进加工贸易转型升级。，海关总署出台措施全面推广服务外包保税监管模式，在试点基础上，从7月1日起，将服务外包保税监管从原有的10个试点城市推广至目前全部21个服务外包示范城市，并制定出台了相关管理办法，进一步加大对服务贸易的支持力度。，海关总署会同相关部门开展了加工贸易转型升级试点城市和梯度转移重点承接地认定，将苏州、东莞列为加工贸易转型升级示范城市，将辽宁锦州市等13个城市列入第三批加工贸易梯度转移重点承接地，从产业和区域角度积极引导加工贸易转型升级。
位于江苏苏州昆山综合保税区内的无敌数码科技(昆山)有限公司决定将自有品牌的销售部分进行剥离，成立贸易有限公司。这是公司针对昆山出口加工区转型为综合保税区后功能更集中采取的战略性转型新举措。无敌数码科技(昆山)贸易有限公司总经理沈复君告诉记者“海关政策和服务都升级了，我们也要顺势而为。”
对于已落户海关特殊监管区10年的仁宝集团，已经成长为年产值千亿元企业，跃居全球笔记本电脑代工业第一把交椅。集团总经理陈瑞聪介绍说“公司的快速发展，有赖于海关特殊监管区域政策功能的优势和海关提供的优质高效的服务。”随着昆山综合保税区的正式通过验收，仁宝集团不仅于今年4月在综保区成立了研发中心，还将设立区域总部和4个生产工厂，实现从“生产车间”到“企业总部”转变。
昆山综合保税区将由原先的单纯加工制造转向重点发展货物贸易、服务贸易，通过内外销并举，向研发、销售等价值链高端攀升。昆山综合保税区已发展成为百强县之首昆山的“转型升级示范区”和“新兴产业引领区”，承载着昆山人三年“再造一个昆山”的目标和期待。目前包括纬创资通的循环经济绿资源基地，宝成集团销售总部、昆达集团所辖联达导航全球营运中心、票据处理中心，西门子下属欧斯朗公司特种光源销售总部等项目都纷至沓来。
“我们创科公司一年投入市场的新产品超过300款，而且价格制订全部由我们主导。”东莞创科实业有限公司总监何柏林自豪地说。“议价权”成了公司高层经常提起的一个“关键词”。
东莞创科实业有限公司前身是东莞厚街科技电业公司，是一家来料加工企业，由于来料加工企业没有独立的法人资格，公司只能按订单进行加工生产，价格也只能由国外买家来定，利润空间低。
在黄埔海关的帮助下，企业顺利地由来料加工企业转型为三资企业，具备了独立的法人资格。转型后的创科公司不再像以前那样只从事简单的贴牌生产，还可以根据市场的需求情况来自主设计。在转变的过程中，公司也逐渐掌握了市场的议价权。
像创科实业公司这样转型后获得新发展的企业在东莞为数不少，东莞加工贸易转型升级取得了明显的成效。东莞号称中国“加工贸易之都”，有加工贸易生产型企业近12000家。海关加强与东莞市政府等部门的联系沟通，大力支持东莞建设全国加工贸易转型升级示范区，与东莞市政府共同制定了促进加工贸易转型升级和内销便利化方案，通过简化企业转型和搬迁手续、扩大深加工结转管理系统试点、加快外发加工业务制度改革等措施，鼓励和支持加工贸易企业充分利用国际国内两个市场，助力企业实现经营性质和销售市场的双转型，帮助企业创立自主品牌，增强企业研发能力，提升东莞加工贸易的核心竞争力。截至目前，全市共有1600多家来料加工企业转为三资企业，其中2009年，共988家加工贸易企业新创立了自主品牌。转型后的企业从原来单纯的贴牌加工逐渐转向研发、设计、核心制造。有关资料显示，近两年来，东莞加工贸易企业新增研发机构304个，新增加工贸易高新技术企业184家，全市出口300强企业基本上实现了“设计+生产”的运作模式，ODM生产制造产品出口占全市加工贸易出口超过60%。
通过创新，江苏苏州、广东东莞等位于东部沿海的加工贸易企业正从产业链的低端向高端进军。而在中西部，加工贸易发展也正如火如荼。根据国家区域发展总体战略和主体功能区战略，海关报国务院批准，对部分已有的海关特殊监管区域进行了整合，在中西部地区优先考虑并设立了一批出口加工区、综合保税区、保税港区，引导产业有序转移。在功能上，全面拓展了出口加工区保税物流功能。由于海关特殊监管区域具备保税加工、保税物流、出口退税、设备免税、通关便捷、管理规范等政策和功能，在当前国内外经济形势下功能和政策比较优势凸显。随着我国一系列应对危机、振兴经济措施的出台，有的外资企业关闭了海外生产基地，优先选择海关特殊监管区域，向我国集聚研发、结算、总部基地等高端产业链，海关特殊监管区域成为承接“产业转移”、吸引外资、加工贸易转型升级的重要平台。
12月1日，全球第二大个人品牌电脑宏碁也落户重庆，而仁宝、和硕、纬创等知名代工企业也随其入渝。而此前，全球最大个人品牌电脑惠普已经在2009年率先落户重庆，不仅带来了富士康、英业达、广达三大代工商和数以百计的零部件配套商，而且将全球软件外包服务中心、全球软件测试中心、全球软件研发中心、中国呼叫中心等项目落户重庆，其中惠普公司全球采购结算中心从新加坡移至重庆更是引人注目。随着惠普产业集群扎根西永综保区、宏碁落户重庆两路寸滩保税港区，重庆将能迅速形成“2+6+N”(两个品牌商、六个代工企业、五六百家配套厂商)的笔记本电脑产业集群，打造出全球最大、最具特色大的笔记本电脑生产基地。
统计资料也显示，经过多年努力，加工贸易不断转型升级，从来料加工为主发展为进料加工占主体，产品类别历经服装鞋帽、家用电器、IT产品，直至现在以大型装备制造业和国际服务外包为快速增长点。加工贸易产业与产品结构不断优化，2009年加工贸易进出口货物中，70%以上为机电类产品，其中50%多为高科技类。，加工贸易产业链不断延伸，深加工结转在加工贸易中所占的比重提升迅速。加工贸易企业消化、吸收和再创新的能力不断增强，部分企业积极向设立营运中心、研发中心乃至加强自主品牌建设等方面努力，加快实现从OEM(贴牌加工)到ODM(委托设计生产)到OBM(自有品牌营销)的转变。加工贸易的增值率不断提高，加工贸易增值率(含国内采购)由1996年的35.3%上升为2009年的82%。在地区分布上，加工贸易已从最初的深圳、东莞扩展到东南沿海，呈向中西部快速发展的态势。