据了解，我国铁路供需矛盾一直比较突出。近年来，我国铁路90%的货运能力都被用来保障煤炭、石油、粮食、化肥、农药等重点物资运输，对发展快捷货运力不从心。在发达国家，集装箱铁路运输货运量占铁路运输总货运量比重在30%-50%，而我们国家仅占不到5%。运力不足成为制约集装箱铁路运输的主要瓶颈。北京交通大学教授张晓东说“目前每天铁路系统请求要铁路运的信息一天大概28多万多，就是坐车的需求，而目前铁路从调度指挥挖潜提效，结果来看只能满足三分之一强。”
而正是因为运能有限，铁路班期须达到一定货量之后才能发送，而船公司有固定班期，这样以来，铁路运输灵活性差的短处就凸显出来。张晓东说“有限的铁路运能，要求铁路编组达到一定辆数，比如43辆，或者45辆。有重质有轻质量，或者我的换长要达到多长，达不到这个条件，就不发车。那这样一来的话，它为了换运能，它时效性就弱，”
曲伟告诉记者，相比铁路，公路运输量少、载货灵活，货物送到目的地后，回程相对容易配到货物，这样重去重回的话，成本就要降低很多，而铁路很难做到这一点。他说“在东北是出口的资源性商品比较多，简单说就是出口大于进口，我们再出口时又需要很多的箱源，没有办法，我们需要从大连调空箱上去，装完货再重箱回到大连。这样的话，我们只是实现了空去重回，这样的话，我们的成本相对来讲就比公路就显得要高了。这个也就是我们为什么说联运的价格有的时候比公路的价格要贵的一个原因。”
中国交通运输协会联运分会秘书长李牧原告诉记者，通常情况下，500公里以上的路程，铁路运输成本比公路占有优势，运输距离越长，铁路成本优势越明显。而目前的客观现状是，国内各种物流资源的配置不合理，以及地域经济发展的不平衡、信息不对称等因素，造成有时候铁路比公路运输成本还高。“虽然现在我们有几十条海铁联运的班列线，这个班列线由于货运的不稳定，重箱、空箱流向的不匹配，实际上开行也不非常稳定。”李牧原说。
对此，曲伟表达了同样的观点“如果不稳定，客户可能现在选择联运，一看不稳定，他就很容易改变自己的选择方式，选择公路运输的方式。”
张晓东认为，运输部门之间缺乏协调配合，水路、公路、铁路、航空以及港口分属不同部门管理，各有各的经营模式，各有各的利益诉求，很难有大家都认同的合作机制。这也是制约海铁联运发展的一个重要因素。他说都要靠这个箱子来换取收入，那么在固定的同一空间里头必要的合理利益如何划分，这个应该说没有一个有效地机制。当这个问题谈不好的时候，想谈联合，想谈合作，那就是空谈。而没有一个合作意愿，没有一个合作的基础，没有一个合作的机制，就算设施设备连上了，恐怕也没用。
2005年8月，在发改委的牵头下，国家13个部委联合成立全国现代物流工作部际联席会议，目的就是为了协调解决物流行业出现的问题，张晓东认为，这种协商形式作用还是很微弱。
张晓东说“它能够有什么样的权力？有什么样的责任，要求你们自己家必须在什么时间内解决什么问题呢？它也做不到，它能通过这种联席会议制度，把大家请到一起坐下来就不得了了，这就是难题之一。”