微信公众号将于2012年8月23日正式推出，小程序将于2017年1月9日推出。
第一两者都有不同的定位。公共账户服务于营销和信息传输，小程序面向产品和服务。公共账户主要用于信息传输，实现人与信息的连接，依靠H5可以实现简单的互动，以营销和信息传输为主要服务。小程序不兼容关注、新闻提醒等营销方法，但也适用于公共账户、朋友圈、微信群与小程序之间的沟通和排水。
第二采用不同的技术实现。微信官方账号以H5为基础，小程序以微信自身开发环境和编程语言为基础。小程序是微信中的云应用，不需要安装。虽然不是本地APP，已经完成了贴近本地APP的感觉。微信官方账号是基于传统H5的开发和运营，运营环境是浏览器。
第三不同的功能。微信官方账号的功能是围绕信息的展示和营销，小程序面向产品和服务。微信官方账号是一种账号类型，为用户提供信息和咨询发布平台，提供新的信息传播方式。小程序是提供服务的关键，比微信官方账号更流畅，可以提供更复杂的产品和服务。微信官方账号里的网页可以和朋友圈分享，小程序不兼容；微信官方账号的模板消息可以随时推送，小程序的模板消息限制非常严格。
第四感觉不一样。微信官方账号的操作受到网络环境的影响，延迟很大。小程序比微信官方账号快，因为离本地APP很近。类似本地APP的感受。
第五不同的注册。它们可以单独注册，但大多数业务都需要认证。认证费为300元/年。，如果有认证的微信官方账号，可以借助微信官方账号的认证信息快速注册，免费认证小程序。