1.园区投入与产出极不对称，财政收支难以平衡。
公共平台的搭建和基础设施的配套是物流园区存在和发展的基础，而该类设施具有投资金额大、建设周期长、回报收益少的特点，企业和市场难以承担此类设施的建设，政府应当承担起相应的建设责任。但物流企业具有高流通量、低税收的特点，造成园区的税源基础相对薄弱，中短期难以平衡由物流基础设施投资和维护所带来的巨大财政支出压力。其原因主要有三个方面一是物流园区具有显着的公益属性，园区虽然是区域经济发展的重要增长极，其产生的经济效益和社会效益更多地是由区外企业共同分享，区内物流企业对园区的直接贡献较小，属于典型的收益外部化；二是在园区建设初期，由于基础设施配套不完备和开放度不够，所引进的物流企业规模小、层次低，难以满足客户差异化的需求，直接导致对既有设施利用不充分，经济效益有待提高；三是现代物流理念尚未在工商企业中得到普及，使得工商企业对物流服务的有效需求释放较慢，客观上不利于物流园区和物流企业的发展。
2.园区建设成本瓶颈日益凸显，招商难度日益加大。
物流园区由于大型物流基础设施土地占用大，存量土地难以引进更多的高端物流企业。另一方面，由于土地资源的稀缺和基础设施配套日渐完备使得园区土地价格成倍上升，加上土地税费和拆迁政策调整，物流用地大大超过物流业能承受的10万~30万元/亩的价格，建设和经营成本的大幅提高束缚了物流企业的引进和落户。虽然园区能提供给企业一定的优惠政策，如直接进行地价补贴或者进行税收返还，但园区财力不可能持续大规模地进行地价补贴或者税收返还。在此背景下新建的物流基础设施，不但因新建设施的使用成本大幅高于既有设施的平均成本而使企业的经营成本增加，而且会迫使企业将过高的建设成本最终转嫁给客户，使得客户成本随之上升。，大多数物流企业在提供物流服务时，难以大幅降低社会物流成本。更严重的是，如果物流企业的经营效益不佳，以及企业的市场前景不足以支持企业的持续经营，企业势必在土地用途转变和土地炒作上做文章，物流企业的后续发展难以为继。
3.园区企业软件设施相对落后，物流产业层次不高。
物流园区是物流管理先进理念和技术的主要运用场所，而拥有多层次的物流专业人才储备是园区推广和运用先进理念和先进技术的关键。物流专业人才储备不足是制约物流企业提高经营管理水平、升级物流服务的主要障碍，也是造成园区物流产业信息化程度不高的一个主要原因。目前，园区大多数物流企业只能简单地提供运输和仓储服务，而在流通加工、物流信息服务、物流方案设计以及供应链管理等更高层次的服务方面还没有全面展开。物流产业层次不高将极大地影响物流企业和园区的竞争力。