（一）政府部门多头管理，政策法规不够统一，开放程度有待扩大。
虽然国际货运代理专门法规已经明确国务院对外贸易经济合作主管部门为全国国际货运代理行业的主管部门，但开办国际货运代理企业，从事国际货物运输代理业务，不仅要遵守国际货运代理法规和规章，还要遵守有关公路运输、水路运输、铁路运输、航空运输、联合运输代理的法规、规章和邮政法规、规章。，目前有关政策、法规和规章仍然要求国际货运代理企业的一方股东必须是进出口贸易企业、国际运输企业或国际货运代理企业，并且这样的股东要持有多数股权，尚不允许全部由其他企业或公民个人直接投资设立国际货运代理企业，不允许外商独资设立国际货运代理企业。
（二）国际货运代理企业分布的地域、领域较为广泛，多种经济成分并存，发展不够均衡。
我国沿海国际货运代理企业数量较多，业务发展较为迅速。内陆国际货运代理企业数量较少，业务发展较为缓慢。虽然国际货运代理企业分布于30多个部门和领域，多种经济成分并存，但受国家政策、法规限制，绝大多数国际货运代理企业隶属于进出口贸易企业和交通运输企业，国有、外商投资国际货运代理企业在数量、规模上占绝对优势，其他企业为主要投资者的国际货运代理企业、其他经济成份的国际货运代理企业数量很少，而且规模多数较小。
（三）国际货运代理企业服务网络不够健全，服务质量参差不齐，国际竞争能力较弱，经营秩序有待规范。
我国几乎没有一家国际货运代理企业拥有完善的全球业务网络，绝大多数国际货运代理企业缺乏国际业务网络，多数国际货运代理企业没有国内业务网络。由于缺乏专业人员，业务人员培训不足，没有统一的行业规范，国际货运代理企业之间服务质量参差不齐，差别很大。加之资金、市场、信息网络等方面的原因，我国国际货运代理企业总体国际竞争能力较弱。有关部门虽然多次清理国际货运代理企业，整顿国际货运代理市场秩序，打击非法经营活动，由于种种原因，整个国际货运代理行业的经营秩序仍然不够理想，有待进一步规范。
（四）多数国际货运代理企业历史较为短暂，服务项目单调，资产规模、经营规模较小，专业人才匮乏。
由于我国国际货运代理行业历史较短，长期以来独家经营，绝大多数国际货运代理企业成立不足十年，服务功能较少，不能提供有关法规和规章允许的所有服务。从资产规模、经营规模角度来看，大型、集团型国际货运代理企业数量较少，中小国际货运代理企业占70%以上。多数国际货运代理企业缺乏精通有关业务的专业人才。现有业务人员有待进行普遍的规范化培训。