物流运输系统是由多种运输方式、多种运输工具、多家运输部门、多种运输资源构成的复杂的综合运输系统。各个组成要素之间既存在着有机的联系，又存在着相互冲突，而这些冲突在一定程度上制约了物流运输系统的协调发展。物流运输系统诸要素的冲突主要表现在目标冲突、边界冲突、能力冲突以及运作冲突等方面。目标冲突
各种交通运输方式之间存在着目标冲突。物流运输系统是由铁路、公路、水路、航空和管道5种运输方式构成的综合体系。铁路运输具有快速、准确、安全的优势，但由于铁路运输承运的手续复杂，待运时间较长，很难实现灵活、及时的目标。公路运输机动灵活，能够实现“门到门”运输，但其规模性、安全性程度较低。水路运输是5种交通运输方式中运费较为低廉的，但速度较慢，区域性特征明显，使用范围受到极大限制。航空运输速度快、机动性好，运送货物及时、准确、安全，但其运费昂贵，很难达到低成本的目标。管道运输安全可靠、运输成本低，但其运送的货物具有较大的选择性。边界冲突
由于物流运输系统是由多家运输部门、多种运输方式组成的复杂系统，各个系统、部门、运输方式之间便存在着客观的行政边界、管理边界和运输覆盖范围边界。各级交通运输管理部门受其管理权限的限制，存在着规定的职责、权限的管理边界。各种运输方式由于受其技术经济性能的限制，各自存在着一个最优的运输半径或运输覆盖范围。
特别是在组织综合运输过程中，需要各种运输方式进行及时的转换和联运，但各种运输方式都有其合理的运输边界与范围，超出其边界与范围，就会降低某种运输方式的有效性与适应性。能力冲突
组织综合运输，要求各种运输方式在装卸能力、转换能力、通过能力和运输能力等方面要达到协调匹配。但由于各种运输方式存在着技术经济性能方面的差异，必然存在着能力方面的冲突。
各种运输方式能力的冲突。各种运输方式技术经济特征各有优劣，运输能力存在着较大差异，铁路、船舶运输能力较大，汽车、飞机运输能力较小，几种运输方式能力之间难以匹配。，还有运输方式内部能力的冲突和运输供给能力与运输需求能力之间的冲突。
运作冲突
集装箱运输是提高运输效率和质量、降低运输成本的有效手段。但公路运输所使用集装箱的重量系列多为5吨、10吨，而海上运输所使用的集装箱的重量系列多为20吨、30吨，当组织公路运输与海上运输多式联运时，就会发生因集装箱的重量系列不同而产生的冲突。，各种运输方式、各个运输部门由于在运输规程、作业规范上具有不同的要求，也会导致运输组织过程中的运作冲突。