现行物流成本管理存在许多问题，计算方法上没有切实掌握物流成本，尤其是没有切实掌握公司内部的物流费用。企业内部对于物流成本不甚了解，对于物流成本是什么也十分模糊。弄不清物流成本与制造成本，物流成本与促销费用的关系。物流成本中混有物流部门根本无法控制的成本。企业不同，物流成本的计算标准也不同，企业内部计算物流成本的标准时常改变，每一年度都变动的企业较多。，计算物流成本的目的也存在很多问题，比如计算物流成本的目的不明确，有的只是单纯地想了解物流费用，还没有达到利用物流成本的阶段，有的物流负责部门花费很大精力计算物流成本，但也只是计算一下物流成本多少而已。，物流成本管理还没有超出财务会计的范围。分析降低现行物流成本方面存在的问题主要有以下几点:第一，物流部门向高层管理人员报告的物流成本，只不过是“冰山一角”。而没有向他们生产、销售部门提供有关物流成本的确切的有价值的资料。降低物流成本只是靠物流部门去解决，而没有与生产和销售部门共同研究解决。第二，大多企业没有建立起多批次、小批量物流系统，只是企图在过去物流系统的基础上降低物流成本，没有注意到机构之间的壁垒，如支店之间的壁垒已成为降低成本的障碍，有的即使注意到了，也没有认真解决。第三，没有正规的负责物流会计的专门人员和机构，有的公司把降低物流成本的工作完全委之他人(物流专业人员或销售、生产部门)，而且各个企业计算物流成本的范围本不相同，可是有的企业却偏偏要做对比，并时喜时忧。
针对当前物流成本管理存在的问题，大多物流公司由于实行多批次、小批量配送和适时配送，也由于收货单位过多和过高的服务要求物流服务水平越来越高，导致运费上升;又由于商品品种增多，寿命缩短，必然出现库存增加，或时多时少，由此导致库存费用上升;由于缺乏劳动力导致人头费用增多;由于地价上涨导致物流中心投资费用增加;由于道路拥挤导致运输效率下降。凡此种种都在影响着物流成本。在这种情况下企业降低物流成本已成为当务之急。为降低物流成本，必须了解物流的实际情况，然后对物流系统进行分析，发现问题加以改进，建立起一个可行的新的物流系统。
正确计算物流成本是有效降低物流成本的基础，目前的物流成本核算方式主要有按支付形态计算、按功能计算和按适用对象计算等三种。按支付形态计算是把物流成本分别按运费、保管费、包装材料费、企业内部配送费、人事费、物流管理费、物流利息等支付形态记账。从中可以了解物流成本总额，也可以了解什么经费项目花费最多。这对认识物流成本合理化的重要性以及考虑在物流成本管理上应以什么为重点，十分有效。按功能计算是指分别按包装、配送、保管、搬运、信息、物流管理等功能计算物流费用。从这种方法可以看出哪种功能更耗费成本，比按形态计算成本的方法能更进一步找出实现物流合理化的症结。而且可以计算出标准物流成本(单位个数、重量、容器的成本)，进行作业管理，设定合理化目标。按功能计算物流成本，可以从功能的角度掌握;按形态计算出来的物流成本，在将物流部门费用按不同的功能详细划分时，其分配基准比例由于行业和企业情况的不同而不同。根据本企业的实际情况找出分配基准是很重要的。还可以按单位(配送一件或挑选一个)计算功能物流成本。再就各个功能物流成本的构成比例或金额与上一年度进行比较，弄清增减原因，研究指定整改方案。按适用对象计算物流成本，可以分析出物流成本都用在哪一种对象上。如可以分别把商品、地区、顾客、或营业单位作为适用对象来进行计算。按支店或营业所计算物流成本，就是要算出各营业单位物流成本与销售金额或毛收入的对比，用来了解各营业单位物流成本中存在的问题，以加强管理。按顾客计算物流成本的方法，又可分按标准单价计算和按实际单价计算两种计算方式。按顾客计算物流成本，可用来作为选定顾客、确定物流服务水平等指定顾客战略的参考。按商品计算物流成本是指通过把按功能计算出来的物流费用，用以各自不同的基准分配给各类商品的办法计算物流成本。这种方法可以用来分析各类商品的盈亏，在实际应用时，要考虑进货和出货差额的毛收入与商品周转率的影响。