员工持股并不违法。一旦成为股东，要遵守法律对股东的规定。但《公司法》作为民商事法律范畴，留有很大自治的余地，尤其对有限责任公司。对“持股员工退股”一事，如不违反法律强行性规定，自然可以，接下来具体看下怎么解决。
1、公司资本的三原则
资本三原则，是指资本确定、资本维持、资本不变。
资本确定原则要求公司的注册资本必须经过法律的确认或者取得公示的效力，并以此作为其他法律规则的基础依据。
资本维持原则也称资本充实原则，指公司存续期间，应当维持与其注册资本相当的资本，以达到保护债权人的利益和社会交易的安全。
资本不变原则，意味着公司的注册资本确定以后，非经法定程序，不得任意减少或增加。
公司作为具有独立地位的法人，资本作为公司最基本的血肉，遵守上述原则才能保证公司的公信力和交易的安全以及对债权人的保护。
2、公司章程中约定“拥有本企业股权者即为本企业股东，本企业自然人股东必须是本企业正式在职职工”该如何理解?
(1)“本企业自然人股东必须是本企业正式在职职工”，根据文义解释，应为入股的条件，即自然人入股前必须具备的条件是“本企业正式在职职工”，不可将其反面推定理解为退股的条件，即股东在丧失本企业正式在职职工身份的一并丧失股东资格。
(2)从权利保护角度考量，权利的取得可以进行推定，而权利的丧失或者放弃，在法律没有明文规定或者合同没有明确约定的情况下，不可随意进行推定，否则极易侵犯他人的财产权益。
法官在这里用的是禁止反向推理的法律解释方法，通过这一方法，解释出一个非常不同于普通人理解的结论，表现出了法律人严密的逻辑性和对社会事实处理的谨慎态度。
3、章程关于股东离职由公司回购股权的约定是否违法公司法的规定，是否有效?
公司章程是规定公司组织及行为规则的基本文件，是股东的共同意思表示。系争章程修正案由包括被告在内的全体股东签字，系全体股东意思自治的产 物。，系争章程修正案中“离职股东所持股份应转让给原告的其他股东或由原告进行计价回购”的含义为，离职股东应以股权转让方式退股或由原告计价回购，并不含有股东抽回出资的意思表示，亦不违反公司法的强制性规定，应当认定有效。
4、怎么解决股东离职退股问题?
(1)章程规定
作为公司“宪法”的章程，对公司和全体股东都是具有法律效力的，因而如公司章程规定“持股员工离职时必须退股”，并明确规定了退股方式，那么签署章程的股东便要遵守章程，该规定是合法有效的。需要注意的是，如员工股东持股后，公司通过修改章程规定“持股员工离职时必须退股”，且未经员工同意，则不能对员工发生效力。
(2)合同约定
股权本质上也是一种财产。，如何处分是尊重意思自治的，自然可以通过合同约定的方式进行处理。与章程不同，合同是具有相对性的，合同约束的对象仅限于签订者。，在实现约定时仍然必须遵守法律关于股权转让的相关规定。