在知识产权侵权损害赔偿案件的审判中，当法官经过开庭审理查明全案的事实情况，依据侵权损害赔偿的归责原则、侵权行为构成要件确定了侵权行为人的侵权责任以后，如何满足受害的人赔偿请求，需要有一定的准则以遵循和规范。这些准则就是知识产权损害赔偿原则。知识产权损害赔偿应当确定什么样的赔偿原则？
一、全部赔偿原则
全部赔偿原则也称为全面赔偿原则，是现代民法的最基本的赔偿原则，是各国侵权行为立法和司法实践的通例。当今的trips协议第45条规定“赔偿由于侵犯知识产权而给权利所有者造成的损害”，侵权者向权利所有人支付费用“可以包括适当律师费”等，此规定是全部赔偿原则的体现。
全部赔偿原则的含义，是指知识产权损害赔偿责任的范围，应当以加害人侵权行为所造成损害的财产损失范围为标准，承担全部责任。对损害赔偿的性质历来有补偿主义与惩罚主义不同观点之争。当前对知识产权损害赔偿，由于盗版和假冒的猖獗，主张惩罚主义观点的理由似乎更强一些。，笔者认为，对知识产权损害赔偿的性质仍然是对受害人财产损失和精神损害的一种补偿。侵权人承担赔偿责任也是对其不法行为的一种法律制裁，补偿与制裁又相辅相成。这是由于受害人只有获得赔偿才能弥补自己的损失，权利才能得到保护，除去获得赔偿的途径就几乎没有其他同样功能的途径使受害人获得同样的救济。而对侵权的制裁功能，则还有停止侵害等民事责任的其它形式，以及罚款、收缴等民事制裁的具体形式，以至于行政责任、刑事责任。赔偿损失的功能主要是一种补偿，一种利益的“弥补”和“填平”;所以就要求以受害人的全部损失或损害为标准、为范围来赔偿。
二、法定标准赔偿原则
鉴于知识产权保护对象的特殊性，其损害事实、后果的不易确定性，不少国家的知识产权立法规定了知识产权侵权损害赔偿的法定赔偿制度。这在著作权立法中尤为突出。如美国版权法第504条规定，侵权人对其所侵犯的每一部作品，可负担250美元至1万美元的赔偿，情节严重的可提高每部作品5万美元。《trips协议》第45条中也有法定赔偿金?预先确定的损害赔偿费?的规定。法定标准赔偿原则是在人民法院无法查清受害人实际损失和侵权人营利数额时，或者受害人直接要求按法定最低赔偿额进行赔偿的，人民法院按法律规定的赔偿数额确定赔偿数额。
知识产权保护的对象具有无形的特点，侵权容易且证据难取，权利人所受损失不好计算。例如在计算机软件侵权损害赔偿案件中，受害人经过公证购买侵权人销售的盗版软件二件作为证据向法院起诉要求赔偿。法院在调查核实证据时，再也无法取到其他盗版软件的销售证据。而这两件软件侵权是以权利人正版软件1/10的销售价售出的，利润极低。权利人该软件的销售额又无明显降低趋势。此案如果仅按照这二件软件被告获利赔偿，或者按照二件正版软件的零售价进行赔偿，以及甚至以无损失为由不予赔偿，对权利人都是不公正的，不符合知识产权立法和司法的宗旨，对打击和制止盗版侵权也极为不利。为了使权利人损失能够得到全部赔偿，为了遏制侵权行为，体现损害赔偿的补偿和制裁功能，必须找到一个赔偿数额的“度”，并给以法律的具体规定。前述软件赔偿案件，据估算，如果软件的零售价为中等以上价格，在北京地区，以100套作为赔偿的标准，则有可能为有效的“法定标准赔偿额”。无论从对受害人的补偿还是从对侵权人和有侵权意图的人的惩罚或威慑角度看，都是有一定效果的。
三、法官斟酌裁量赔偿赔偿
无论关于知识产权侵权损害赔偿的法律条款规定得多么严密、具体?这实际不可能做到?，无论是适用全部赔偿原则还是适用法定赔偿原则，都不能排除法官根据开庭审理查明的案件事实，对法律的具体适用，以及在法律规定的赔偿数额幅度之内根据个案情况的裁量。智力创作成果损害结果的不易确定性以及案情的复杂多样，使得对知识产权的损害赔偿不可能简单划一，如同套用数表。在审判知识产权纠纷案件中，法官们常常感到确定原告损失、被告获得利润以及赔偿金数额的困难。感到法律规定不完善，没有可操作性的条款可遵循。
，在确定知识产权侵权损害赔偿数额时应当并且必须赋予法官一定的“斟酌裁量权”，以满足对形形色色案件进行审判的需要。所谓斟酌裁量是要求法官确定赔偿数额必须依据客观事实，依照民法通则和知识产权法的基本原则，依靠法官本身的法律意识和审判经验，仔细地分析和判断案情，反复斟酌处理和解决当事人争议的方案，以求公正、公平、合理追权行为人的民事责任，保护权利人的合法权益。