6月18日，交通运输部印发《关于进一步强化交通运输疫情防控措施坚决防止疫情反弹的通知》（简称《通知》），要求紧密结合疫情防控新形势，因时因势调整北京交通运输疫情防控措施，加强环京“护城河”地区交通运输疫情联防联控，加强物资运输保障和防疫管理，严密防范疫情通过交通运输环节传播蔓延。
北京公交地铁控制客流 省际客运班线全部停运
《通知》要求北京从严执行防疫措施，严格出京旅客信息核查，强化从业人员防疫管理、做好城市交通保障，实施特殊时段进出京客票免费退票，及时发布进出京客运停运信息。
北京市交通委员会副主任容军在6月18日下午召开的北京市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上表示，6月18日起，北京公共交通运营企业按照地面公交满载率不超过90%、轨道交通满载率不超过80%的标准控制客流，通过优化运营组织调度、合理投入运力、启动疏导限流措施等，确保运营秩序。
北京公共交通行业防控措施进一步提高工作标准，对途经高风险重点区域的公交线路，落实场站设施每小时消毒1次、车辆内部每趟次消毒1次并持续通风；对于新发地市场、玉泉东市场、天陶红莲菜市场等重点地区周边的轨道交通车站，进一步强化防控措施。
北京市发生聚集性疫情后，辽宁、河北、四川、浙江等省份出现关联病例。《通知》要求，加强环京“护城河”地区交通运输疫情联防联控，继续暂停出租汽车、顺风车进出京业务。6月19日起，北京所有省际客运站运营的省际客运班线全部停运，已购买车票的旅客可全额退票。进出京省际旅游包车客运业务继续暂停。此前已恢复的31条跨京冀公交线路，已临时停驶2条（城际滦平线、838路），预计近日还将有部分线路根据河北方面要求临时停驶。
6月18日，北京首都国际机场、北京大兴国际机场同步实施出京旅客健康码和核酸检测证明查验工作，“北京健康宝”状态为“未见异常”、体温监测未见异常的旅客可进入航站楼，出京旅客须持有7日内核酸检测证明。大兴机场城市航站楼草桥站的值机、托运等业务暂停运行。
进出京道路货运封闭式管理
《通知》提出，北京市交通委员会要积极会同相关部门按照“封闭式管理、人员不接触、车辆严消毒”的总体要求，做好进出京道路货运疫情防控工作，避免交叉感染。各地交通运输主管部门要加强与相关部门的沟通对接，对短期向北京地区运送物资的司机、装卸工（包括邮政快递车辆司机、装卸工）等从业人员，在体温监测正常和封闭式管理的前提下，原则上不需采取隔离14天的措施。
做好北京地区生活必需品等重点物资运输保障。各地交通运输主管部门要在当地疫情防控领导机构领导下，重点围绕保障北京地区生活必需品、疫情防控物资运输需求，统筹做好物资中转调运和保通保畅工作，指导道路货运企业加强运力组织和司机调配，避免出现因运力不足、人员短缺影响北京地区生活必需品和疫情防控物资供应。
据了解，北京高速公路管理部门将坚持高标准执行收费站区和服务区的防控措施，严格落实公共区域消毒、在岗人员佩戴口罩、体温监测等措施，严格执行CPC卡发放、回收、调拨、入库等各环节消毒工作；对疫情防控应急物资、人员车辆，设立专用通道，管理人员一线保障、专人引导，严格落实“三不一优先”原则。
《通知》中还明确，要严格做好公路水路口岸出入境运输疫情防控工作，以最严措施组织做好“点对点、一站式”入境人员接运工作；全面落实运输场站、交通运输工具、公路服务区、公路水运工程建设等领域常态化防控工作各项要求，进一步完善突发公共卫生事件交通运输应急预案，确保一旦出现散发病例或发生局部疫情后的防控和应急处置工作及时有效。