中国首批跨行政区划法院、检察院，无一例外是依托铁路司法机关而设立。要了解作为新鲜事物的跨行政区划司法，有必要了解历史悠久的中国铁路司法“前世今生”。
新中国成立不久后，1954年，最高人民法院设立了“铁路沿线专门法院”。1955年3月，法院更名为“铁路运输法院”。与此，各地陆续设立铁路基层法院、中级法院，归铁路系统管理。1957年，三级铁路法院被撤销。
1980年7月，根据司法部、铁道部联合发出《关于筹建各级铁路法院有关编制的通知》，在北京设立铁路运输高级法院，在铁路局所在地设立铁路运输中级法院，在铁路分局所在地设立铁路运输法院。中国三级铁路法院开始恢复设立。
1987年4月，铁路运输高级法院被撤销，铁路运输中级法院和铁路运输法院的两级铁路法院建制继续保留，审判业务改由各铁路运输中级法院所在地的高级人民法院指导，人、财、物隶属各铁路局和铁路分局。与此，全国铁路运输检察院被撤销。
铁路检察机关的历史沿革，与铁路法院类似。
这种格局，一直持续到二十一世纪初。
2009年底，全国铁路公安全体转为公安部直接垂直领导管理，铁路警察转为中央国家机关公务员身份。2012年7月，全国17个铁路运输中级法院和58个铁路运输法院全部整建制移交地方管理，在人财物上与铁路部门脱钩。，全国铁路检察机构也全部移交地方管理。
“改制以前，铁路法院的法官履行法官职务，行使司法职权，享受的却是铁路职工待遇。这种人事任免及财政保障体制，使得铁路法院在履行职能中不可避免地引起公众对司法公正的合理怀疑。”上海铁路运输中级法院研究室副主任沈建坤说，“改制后，铁路法院人、财、物完全脱离铁路企业，解决了法官双重身份的尴尬局面，其司法属性更加明晰。”
这次彻底改制，对铁路司法部门的人员来说，堪称一次“触及利益”和“触及灵魂”的改革。从2009年到2012年的改制过渡期间，人事、经费全部冻结，这意味着本来要涨工资、提级别的人要“忍耐”；改制之后，一些人员的收入与在铁路局拿的工资相比，基本下降一半。“，期间没有一个人离开，这也说明我们铁路人是有好作风、讲大局的。”一位在铁路检察机关工作三十多年的“老人”说。
“案源不足”与“指定管辖”
【案源不足】在中国铁路司法彻底改制前后，铁路法院、检察院“吃不饱”已经渐渐成为一个突出问题。记者了解到，上海铁路中院作为与上海市一中院、二中院同等审级的法院，收案数量不到两家法院的十分之一。在上海铁路运输检察分院，近年来其公诉部门直接公诉的案件，一年内仅为个位数，主要工作是指导基层铁路检察院办案。
办案数量萎缩，与中国经济社会的发展，特别是铁路的变迁有很大关系。上海铁路运输检察分院副检察长李文举例说，铁路司法曾擅长办理的“车匪路霸”案件，随着社会治安的整体好转，案件数量已经很少；列车扒窃案件，随着高铁的大规模建设、乘车环境的改善、车厢的封闭式管理，发案量直线下降；“黄牛”倒票、制贩假票案件，随着实名制购票的实行，也在下降；数十年前多发的“沿线扒车”盗窃类案件，基本已经绝迹。
“铁路司法机关长期办案不饱和，对司法机关的存续不利，对司法人员的培养和成长也不利。”上海铁路运输中级法院刑庭庭长顾军伟说，“扩大案件管辖范围，势在必行。”
【指定管辖】2012年7月，在铁路法院全体改制的，最高人民法院作出了《关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》的司法解释，明确规定铁路法院可以通过指定管辖方式受理部分其他案件。
各地法院立即有所行动。例如，上海市高级人民法院指定上海铁路运输法院（基层法院）在传统涉铁案件之外，管辖上海市的轨道交通案件、高架道路案件；四川省高院则指定成都铁路运输法院受理成都市内发生的城市轨道交通运输、民用航空运输以及绕城高速的相关合同纠纷和侵权纠纷民事案件。“铁路司法”，呈现出向“大交通运输司法”转型的趋势。事实上，这种指定管辖已经令相关法院具备了“跨行政区划法院”的雏形。
新格局铁路司法＋跨行政司法
2015年2月，最高人民法院发布《关于全面深化人民法院改革的意见——人民法院第四个五年改革纲要（2014－2018）》，其中提出“将铁路运输法院改造为跨行政区划法院，主要审理跨行政区划案件、重大行政案件、环境资源保护、企业破产、食品药品安全等易受地方因素影响的案件、跨行政区划人民检察院提起公诉的案件和原铁路运输法院受理的刑事、民事案件。”
至此，铁路司法机关的前景，进一步明朗化。
跨行政区划法院、检察院，为什么要依托铁路司法机关设立？上海市三中院、三分检负责人和多位法学专家分析了其中缘由。
【“跨行政区划”特点】作为交通运输的一种载体，铁路本身就是跨行政区划的，铁路司法也就天然具有跨行政区域特点。例如，上海铁路运输中级法院案件管辖的范围，包括上海铁路局辖区内上海、江苏、浙江、安徽等多地的涉铁案件。
“人们可以留意，上海铁路运输中级法院不是上海市铁路运输中级法院，一字之差，说明这是一家设立在上海、管辖却跨出上海的法院。”上海市三中院暨铁路中级法院、知识产权法院院长吴偕林说。
【专门法院特征】，铁路司法，特别是铁路法院，具有“专门法院”的特征。在中国，军事、海事、铁路运输等法院都属于专门法院。当前，一些铁路法院已经根据指定管辖，将受案范围扩展到“大交通运输”领域，这同样具有专门法院的特点。
值得一提的是，最近在北京、上海、广州新成立的三家知识产权法院，是中国最新类别的专门法院。在上海，知识产权法院与三中院、铁路中院合署办公，其专门法院的特点相当显著。
【科学精简高效原则】第三，铁路司法面临着案源长期不足的问题，急需扩大管辖范围。与此，新机构依托老机构设立，符合科学精简高效原则，有利于控制人员、机构编制。
“浮出水面”的新情况
铁路司法自身转型以及向跨行政区划司法转变，一些新情况也浮出水面
第一，人财物管理与审判管理“两张皮”。例如，上海铁路运输中级法院对杭州、南京、徐州、合肥等地铁路基层法院进行审级监督（如审理上诉案件等），但这些基层法院的人财物则归当地省高院或中院管理。这些法院的指定管辖范围也由当地高院作出，目前已经呈现出“五花八门”的趋势。
第二，铁路法院、检察院本身已经是跨出省级行政区划的“大跨”，新设立的上海、北京等地跨行政区划法院、检察院，目前则是跨本市各区县的“小跨”。首批跨行政区划法院、检察院成立之初，就曾有一些不了解具体情况的外省市人员来到这里，请求受理案件，经过解释后方才明了。
这些问题，仍需在深化司法体制改革中进一步理顺。