果蔬专列开行之后，可以缩短运输时间、提高运输效率、降低运输成本，看似一片大好前景。，在具体操作中，存在的困难也不少，比如价格和重复装卸等问题。
价格方面，采用汽车挂车的运输方式，只需要600多元一吨，而火车运输需要700多元一吨，没满三四十吨，用火车运不划算。通常我们的量才十几吨，不够一节火车，所以成本就大大增加了。
在中转方面，汽车运输可以点到点。果蔬可以从只田间地头直接上车，然后运到市场再卸车。而火车运输，由需要从地里运到火车站，到了目的地还要从火车站运到市场，这中间的折腾不仅会带来更大的损耗，而且还需要花费更多的人工成本，并没有想象中的方便。
对于这样的问题，有关业内人士表示，需要提高农业的组织化程度。由于目前中国的农业仍然有小生产的特点，与大市场之间存在着矛盾，体现在果蔬运输中，就有凌先生这样的经历。而要解决这一矛盾，需要各大菜贩和菜农联合，比如组成合作社或者蔬果联运，形成运输规模，才能使得规模效益发挥作用。
根据具体实际情况，实现公路、铁路等各种交通工具联运，提高物流的网络化和信息化水平。在车辆的配置上方面可以通过共享汽车使用信息，减少空载率，并且通过物联网技术，实现车辆可追踪等，集中调配运力。如何保障蔬果供应则成了蔬果专列开行之后面临的又一大考验。
网