几年前，蒙牛产品运输全部是从内蒙古向外输送，运作方式耗时耗力。随着公司在各地工厂建设完毕，大大节省了运输成本，提高了物流效率，进一步保证了产品的质量和新鲜度。蒙牛的物流配送近年来一直行业，具体运作方式在不同区域视产品特点不同而定。
以蒙牛液态奶产品为例，其物流有两大特点货量大，多种运输方式并存。由于奶制品对产品新鲜度和安全性要求极高，市场对产品的可追溯性要求也非常严格。目前蒙牛常温奶“兵分两路”进行物流配送。一方面从工厂直接送达客户;另一方面则在全国重点城市布局分仓，通过分仓配送满足中小客户的需求。蒙牛在全国设立了32个分仓，通过五定班列、车皮、零散集装箱等方式直接将产品运输到分仓，然后各分仓再按照客户所处的位置以铁路中转或公路配送到客户的手中。为改善配送中心仓储环境，公司投入1300万元对低温速冷库进行改善与扩建，确保产品在库100%符合质量标准要求，投资800万引入先进的信息化设施GPS温度在途监控系统，普及冷链产品全程温度监控，旨在实现产品温度合格率100%达标。
蒙牛重庆物流分仓是全国分仓，也是物流功能齐备便捷的分仓。中铁整列集装箱可以直接停靠在货物分发月台旁，月台的地面上清晰标示出区域界线，配送车辆将准确无误地进行货物装卸。如此一来，装卸货物的准确性得以保障，物流配送的效率得到提升。
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